I mitten av 1400-talet hörde Lindhult till det godskomplex under Hjuleberg, som Aage Axelsson Thott till Hjuleberg sammanlande. Gården nämns i en urkund 1474.
Först i början av 1600-talet blev det sätesgård. Det ägdes då av den för sin grymhet bekante Mogens Mogensen Gyldenstjerne, ståthållare på Varbergs fästning, död 1639.
Från 1756 har Lindhult tillhört medlemmar av ätten Lilliehöök af Gälared och Kolbäck, när den förvärvades av kaptenen Fredrik Malcolm Lilliehöök. Gårdens corps-de-logi färdigställdes 1781 – ett årtal som är inhugget över entrén – men i sina äldre delar är det betydligt äldre. Sannolikt är källarna under huset från Gyldenstiernas tid.
Lindhult utvecklades under mitten av 1800-talet till ett storjordbruk om 1200 tunnland med inriktning på kreatursavel. Hallands läns första lantbruksskola var från 1869 förlagd till Lindhult och förestods av Carl Johan Lilliehöök, som tillträtt Lindhult 1848 och ägde det från 1858. Denne blev föregångsman inom halländskt jordbruk. På gårdens startade han bl.a. landets första handelsplantskola. Gården drivs nu av Johan Lilliehöök med familj, med verksamhet främst inom jordbruk, skogsbruk, vindkraft och bostäder.